L'Inter, vainqueur à l'aller (2-1), savait qu'il devait se méfier de cette équipe de Villarreal. Déjà bousculés à San Siro, les Intéristes l'étaient également sur la pelouse du Madrigal. Finalement, il fallait tout de même attendre la 44ème minute et une tête puissante mais non cadrée de Tacchinardi pour voir la meilleure occasion espagnole.
La seconde période voyait «le Sous-Marin Jaune» se livrer à un véritable numéro de soliste. José Mari, bien servi par Senna, sollicitait Toldo (48'). Puis c'était au tour de Riquelme de chauffer les gants du portier milanais (52'). Finalement, l'international italien allait céder. Sur un coup franc à trente-cinq mètres du but nerazzuri, Riquelme trouvait son compatriote argentin Rodolfo Arruabarrena. Toldo, trop court, voyait la tête de ce dernier finir au fond de ses filets (59', 1-0).
Assommé, l'Inter voyait déferler les vagues jaunes. Forlan par deux fois (62' et 82'), José Mari (72') et Riquelme (82') manquaient le but du chaos. Malgré une ultime frayeur signée Stankovic (93') - volée du gauche sur laquelle Viera se montre impérial -, les jeux étaient faits. Villarreal élimine l'Inter sur l'ensemble des deux matchs (2-1, 1-0) et accède pour la première fois de son histoire aux demi-finales de la C1. En prouvant du même coup qu'elle était bien l'EQUIPE surprise de la compétition.
Les résultats des quarts de finale retour du mardi 4 avril
Milan – Lyon : 3-1
Inzaghi (25', 87') – Shevchenko (93') – Diarra (31')
Villarreal – Inter Milan : 1-0
Arruabarenna (59')
Le programme des quarts de finale retour du mercredi 5 avril
Juventus Turin – Arsenal
FC Barcelone – Benfica Lisbonne